天津醫科大學基礎醫學院楊揚教授課題組最近報道了人和小鼠中不同細胞類型特異性的選擇性多聚腺苷酸化（Alternative polyadenylation，簡稱APA）數據庫scAPAatlas，相關研究成果發表在Nucleic Acids Res，題為scAPAatlas: an atlas of alternative polyadenylation across cell types in human and mouse。
APA是真核基因初始轉錄產生的前體mRNA加工成熟過程中一種重要的轉錄后調控機制。大多數哺乳動物前體mRNA都具有多個多聚腺苷酸化位點，選擇不同的位點可以使單個基因產生不同的轉錄本，進而可能行使不同的生物學功能。研究表明，APA在許多生物學過程中都發揮著重要的調控作用，諸如胚胎發育、細胞分化、神經元活性以及免疫應答等。近年來，逐步完善的單細胞RNA測序技術（scRNA-seq）為從單細胞水平深入研究APA調控模式提供了契機。
楊揚教授課題組前期通過開發基于scRNA-seq數據進行APA分析的生物信息學方法，并對小鼠GABA能中間神經元的APA特異性調控模式進行了探索，相關成果于2021年7月發表在BMC Biol上。在此基礎上，他們通過搜集人和小鼠正常組織的scRNA-seq數據，繪制了涵蓋人類的24種組織器官/小鼠的25種組織器官中不同細胞類型的APA圖譜，系統地分析了細胞類型特異性的APA調控模式，深入地探索了APA關聯的轉錄后調控過程，并開發了scAPAatlas數據庫可供用戶檢索、下載以及可視化等。該研究為探索不同細胞類型的APA調控模式提供了豐富資源，助力于闡釋APA在不同生物學過程中的功能。
該項工作由天津醫科大學楊揚教授課題組完成，楊揚教授為論文通訊作者，天津醫科大學2020級碩士生楊曉曉、童楊、劉格睿為論文共同第一作者。此外，該工作還得到了中國醫學科學院血液病醫院（中國醫學科學院血液學研究所）原佳沛副研究員的大力幫助。該研究得到了國家自然科學基金項目、天津醫科大學基礎醫學卓越人才計劃等資助，同時也得到醫學表觀遺傳學省部共建協同創新中心、天津市炎癥生物學重點實驗室、天津市醫學表觀遺傳學重點實驗室的支持。
作者介紹
楊 揚
天津醫科大學基礎醫學院教授，卓越人才計劃PI，博士生導師；長期致力于開發具有創新性的生物信息學方法，并將之應用于高通量組學數據的分析和整合，從而挖掘和揭示生物學過程中重要的調控過程，進而應用于人類重大疾病相關精準醫學研究中，研究成果發表在Nature Communications，Nucleic Acids Research，BMC Biology等期刊上。
供稿 | 科學技術處 人事處
編輯 | 韓翠玥